Ihmisen aineenvaihdunnan ja sitä säätelevien proteiinien tutkimus on erittäin monimutkaista. Tällä hetkellä arvioidaan että ihmisen 30 000-40 000 geeniä tuottavat jopa miljoonaa erilaista proteiinia. Nykyinen biologinen tutkimus tuottaa pääasiassa yksittäisiä geenejä tai proteiineja koskevaa sirpaletietoa. Yhtenäisen kokonaiskuvan rakentaminen eri tutkijoiden tuottamista tuhansista tai miljoonista sirpaleista edellyttää hyviä laskennallisia ja matemaattisia ratkaisuja --- tietokonemalleja jotka pystyvät oppimaan ja kuvaamaan tietämystä ja käsitteitä joustavasti. Näin saatujen mallien kokonaiskuvan tulkinta onkin tämän jälkeen modernin biotieteilijän tehtävä.
KRBIO'05-tapahtuma (Knowledge Representation in Bioinformatics), kerää yhteen kansainvälisen joukon bioinformatiikan ja tietojenkäsittelytieteen tutkijoita keskustelemaan, kuinka tietojärjestelmistä voidaan tehdä biologeille nykyistä käytettävämpiä ja hyödyllisempiä. Kokouksessa pohditaan erilaisten biologisten aineistojen yhdistämistä sekä valotetaan tarkoitukseen soveltuvia matemaattis-laskennallisia menetelmiä.
Motivaationa tapahtuman järjestämiselle on "lisätä tietoisuutta oppivien järjestelmien tärkeydestä ja edistää osallistujien välistä keskustelua, sekä houkutella mukaan biotieteiden ammattilaisia, erityisesti lääkkeitä kehittävistä biotekniikan yrityksistä", kuvailee Catherine Bounsaythip, KRBIO'05-kokouksen puheenjohtaja.
Olet tervetullut kuulemaan aiheesta lisää KRBIO'05-kokouksessa, jonka järjestää VTT Biotekniikan bioinformatiikkaryhmä yhteistyössä Teknillisen korkeakoulun informaatiotekniikan laboratorion kanssa. Kokous pidetään 15. kesäkuuta 2005 AKRR'05-konferenssin yhteydessä.
Matej Oresicin johtama kvantitatiivisen biologian ja bioinformatiikan
ryhmä (QBIX) on tehnyt systeemibiologiaa vuodesta 2003 alkaen. Ryhmä
keskittyy erityisesti metabolomiikkaan eli aineenvaihdunnan
tutkimukseen, jota varten sillä on sekä mittaamisen että
bioinformatiikan vaatima välineistö ja osaaminen. Ryhmän tämän hetken
suurin projekti on löytää tyypin 1 diabeteksen kehittymistä kuvaavia
varhaisia merkkejä. Projektia rahoittaa Tekes.
Kuva: Complexity of life: network of protein-protein interaction and enzymatic
reaction of yeast (S. cerevisae).
Yhteydenotot:
Matej Oresic
VTT Biotechnology
+358 20 722 4491
Matej.Oresic@vtt.fi
Bioinformatiikan tutkimus TKK:n Informaatiotekniikan laboratoriossa
TKK:lla bioinformatiikan tutkimus keskittyy kehittämään oppivia, laskennallisia menetelmiä, joiden avulla voidaan löytää uutta tietoa esimerkiksi geeneistä ja niiden toiminnasta yhdistelemällä erilaisia tiedonlähteitä valtavista julkisesti saatavilla olevista tietopankeista. Tämänhetkisissä pilottiprojekteissa tutkitaan mm. hiivan systeemibiologiaa, ihmisen retroviruksia, sekä syöpää.
Yhteydenotot:
Prof. Samuel Kaski
Informaatiotekniikan laboratorio
Teknillinen korkeakoulu
PL 5400, 02015 TKK
puh. 050-305 8694